本片改編自TYPE-MOON出品的文字冒險(xiǎn)類游戲《Fate/stay night》，是該游戲最終路線“HF線”動畫劇場版全三部作品中的第二章。通過女主角間桐櫻的視角，講述了御主和英靈為了得到可以實(shí)現(xiàn)一切愿望的圣杯而相互廝殺的一場戰(zhàn)爭。
時(shí)隔10年在冬木市爆發(fā)的這場“圣杯戰(zhàn)爭”中，因被稱為“圣杯戰(zhàn)爭”御三家之一的間桐家的當(dāng)家·間桐臟硯的參戰(zhàn)而變得更畸形、扭曲和惡化。作為御主參戰(zhàn)的衛(wèi)宮士郎也在戰(zhàn)斗中負(fù)傷還失去了英靈Saber，盡管如此士郎為了守護(hù)間桐櫻，并沒有從戰(zhàn)斗中引身退出。而擔(dān)心士郎身體的櫻，自己也無法逃離魔法師的宿命……